Le M.A.A.O.A tente de concilier la contemplation avec les informations scientifiques sur les hommes et les sociétés. Deux collections sont à l'origine de ce musée, les donations Guerre et Gastaut, auxquelles sont venues s'ajouter des acquisitions régulières d’œuvres importantes telles que J. Kerchache, A. de Monbrison, P. Guimiot, F. Reichenbach, J.P. Barbier, Arman...
Donation Guerre
Elle se compose de 87 masques et sculptures dont la majorité provient de l'Ouest de l'Afrique. Un nombre important d'objets a figuré dans les plus grandes expositions internationales : le masque des Marka (Mali), les trois reliquaires des Fang (Gabon), le masque des Gouro-Bété (Côte d'Ivoire)…
Donation Gastaut
Il s'agit d'une série unique au monde regroupant 90 crânes humains sculptés, peints, gravés, surmodelés ou réduits (crânes de la vallée du fleuve Sépik, en Papouasie-Nouvelle-Guinée ; crânes du Vanuatu ; têtes réduites des indiens d'Amazonie, les Jivaros...), ainsi que de magnifiques "objets" tels que la tête des indiens Mundurucu (Brésil), les trois masques de Nouvelle-Bretagne, les crânes de Nouvelle-Bretagne (Papouasie-Nouvelle-Guinée) ...
Le musée possède également un ensemble exceptionnel de 150 pièces et objets rituels de l’île de Malakula, archipel du pacifique.
Sa bibliothèque et son fonds documentaire sont accessibles sur rendez-vous aux étudiants et chercheurs.