Le XXe siècle sera le cadre d'une double reconnaissance de ces objets, tant par les scientifiques qui les documentent, que par les artistes proclamant l'apport de ces arts dans leurs réflexions et expérimentations de nouvelles formes. Des collectionneurs éclairés se sont inscrits dans ces deux sillages.
Le MAAOA est l'héritier de ces regards. Il l'est par la nature des collections qu'il présente (reliquats des présentations coloniales, anciennes collections privées de grande qualité, dépôts, collectes plus récentes), il l'est aussi de par sa mission : rendre intelligibles aujourd'hui ces objets, témoignages de l'histoire et de la culture des Hommes et des sociétés dont ils sont issus.
Le MAAOA propose :
La salle Afrique : Collection L.Pierre Guerre, objets issus des institutions muséales coloniales marseillaises, dépôts et acquisitions...
La salle Mexique : Collection d'art populaire mexicain réunie par le cinéaste documentaliste François Reichenbach.
La salle Océanie et Amériques : Collection Henri Gastaut, collectes effectuées par le MAAOA dans les années 1990; dépôts et acquisitions.